Puolustushallinnon ylätasolla sotilaallinen ja poliittinen ohjaus on integroitu. Puolustusministeriö ja Puolustusesikunta toimivat samassa rakennuksessa. Puolustusministeri johtaa Puolustusministeriötä ja raportoi suoraan presidentille eli asevoimien ylipäällikölle. Puolustusministeri vastaa puolustuspolitiikan johtamisesta, asevoimien joukkojen mobilisoinnista ja sotilaallisesta infrastruktuurista sekä asevoimien turvallisuudesta parlamentille.

Puolustusesikunnan päällikkö (CEMA) raportoi suoraan puolustusministerille. CEMA vastaa operaatioiden johtamisesta, joukkojen koulutuksesta ja kehittämisestä, tiedustelutietojen keräämisestä ja analysoinnista sekä suhteiden ylläpitämisestä muihin maihin.

Asevoimien erikoisjoukot on ryhmitetty puolustushaarojen yhteisen johtoesikunnan (Commandement des Opérations Spéciales, COS) alaisuuteen. Esikuntaa johtaa prikaatikenraalin tai kontra-amiraalin arvoinen upseeri. COS on puolustusesikunnan päällikön (CEMA) käskynalainen ja presidentin suoranaisessa alaisuudessa. COS on operatiivinen johtoesikunta, eikä sen komentajalla ei ole suoraa orgaanista komentosuhdetta joukkoihinsa.