Yhdysvaltojen asevoimien johto-organisaatio on monitahoinen yhdistelmä poliittisesta ja sotilasjohdosta. Ylipäällikkö ja puolustusministeri ovat siviilejä, vaikka tehtävissä saattaa palvella myös sotilastaustaisia henkilöitä. Asevoimien johto kuuluu puolustusministeriön organisaatioon. Puolustusministeriön päärakennuksessa (eli Pentagonissa) Washingtonissa työskentelee 26 000 ihmistä.

Puolustusministeriön sisällä toimii kolme puolustushaaraministeriötä (maavoima-, merivoima- ja ilmavoima-) ja niiden alaiset puolustushaaraesikunnat. Puolustushaarojen päätehtävä on joukkojen tuottaminen, kouluttaminen ja varustaminen operatiivisten komentajien käyttöön.

Puolustushaarakomentajien neuvosto JCS on valtiojohdon ylin sotilaallinen neuvonantoelin, jossa on kahdeksan jäsentä (puheenjohtaja, varapuheenjohtaja ja puolustushaarakomentajat). JCS:n kokoonpanoon kuuluvat maavoimien, merivoimien, merijalkaväen, ilmavoimien, avaruusjoukkojen ja kansalliskaartin komentajat. JCS:n puheenjohtaja on Yhdysvaltojen sotilashierarkian korkein upseeri. Puheenjohtajan alaisuudessa toimii suunnittelu- ja valmisteluesikunta Joint Staff (JS), jonka henkilöstövahvuus on noin 1 500. JCS:lla ja JS:lla ei ole operatiivista käskyvaltaa joukkoihin.

Rannikkovartiosto (US Coast Guard) rinnastetaan nykyisin puolustushaaroihin, vaikka se toimii rauhan aikana kotimaan turvallisuuden ministeriön alaisuudessa. Rannikkovartioston komentaja ei kuulu JCS:n kokoonpanoon.

Joukkojen operatiivisesta johtamisesta vastaavat pysyvien alueellisten ja toiminnallisten strategisten joukkoryhmien (Combatant Commands, 11 kpl) komentajat tai erikseen muodostettavan voimaryhmän tai operaation komentajat. Yhdysvallat on jakanut koko maailman strategisten joukkoryhmiensä vastuualueisiin. Komentoketju menee presidentiltä puolustusministerin kautta suoraan operatiiviselle komentajalle. Jokaisella joukkoryhmällä on kaikkien puolustushaarojen joukkojen johtamiseen kykenevä suuri esikunta. Niistä Yhdysvalloissa ovat CENTCOM:in ja SOUTHCOM:in esikunnat Floridassa, NORTHCOM:in esikunta Coloradossa ja INDOPACOM:in esikunta Hawaijilla. EUCOM:in ja AFRICOM:in esikunnat ovat Saksassa.

Toiminnallisten joukkoryhmien erikoisala näkyy niiden nimistä. STRATCOM vastaa Yhdysvaltojen strategisesta ydinasepelotteesta, sen ylläpitämisestä ja käytöstä. Uusin näistä joukkoryhmistä on US Space Command, joka perustettiin 2019. Sen taustalla on kasvava huoli satelliittien haavoittuvuudesta.

Pysyvät alueelliset joukkoryhmät:

• US Africa Command (US AFRICOM)
• US Central Command (US CENTCOM)
• US European Command (US EUCOM)
• US Indo-Pacific Command (US INDOPACOM)
• US Northern Command (US NORTHCOM)
• US Southern Command (US SOUTHCOM)

Pysyvät toiminnalliset joukkoryhmät:

• US Cyber Command (US CYBERCOM)
• US Space Command (US SPACECOM)
• US Special Operations Command (US SOCOM)
• US Strategic Command (US STRATCOM)
• US Transportation Command (US TRANSCOM)