Merivoimien tehtävänä on tukea Bundeswehrin muita puolustushaaroja ja osallistua Bundeswehrin yhteisten tehtävien täyttämiseen kuten Saksan ja sen kansalaisten suojaamiseen, maan ulkopoliittisen toimintavapauden varmistamiseen ja liittolaisten puolustamiseen.

Merivoimien esikunnan alaisina toimivat Merivoimien tukiesikunta (Wilhelmshaven) sekä lippueet, joukot, sotakoulut ym.

Merivoimien kokoonpano:

• kaksi operatiivista aluslippuetta, Kiel ja Wilhelmshaven
• merilentojoukot, Nordholz
• merijalkaväkipataljoona, Eckernförde
• sotakoulut ja laitokset

Merivoimien kalustoa:

• 11 fregattia (Baden-Württemberg-, Brandenburg- ja Sachsen-luokat)
• 5 korvettia (Braunschweig-luokka), viisi lisää tilauksessa
• 6 sukellusvenettä (212A-luokka)
• 12 miinanetsijää ja -raivaajaa (Frankenthal- ja Ensdorf-luokat)
• 6 meritiedustelukonetta (neljä P-3C Orion, kaksi Do-228 M)
• 22 suto-helikopteria (Lynx)
• 14 etsintä- ja pelastushelikopteria (Sea King)
• 18 kuljetushelikopteria (NH-90 Sea Lion)