Natolla on ollut vuodesta 2012 alkaen kaksi strategista johtoporrasta (esikuntaa):

• liittokunnan operaatiojohtoporras (Allied Command Operations, ACO)
• liittokunnan transformaatiojohtoporras (Allied Command Transformation, ACT)

ACO:n yläpuolella on liittokunnan ylipäällikkö Euroopassa (Supreme Allied Commander Europe, SACEUR) ja ACT:n yläpuolella liittokunnan transformaatiokomentaja (Supreme Allied Commander Transformation, SACT).

Naton joukot jaetaan kolmeen pääluokkaan:

• toiminta-alueella valmiina olevat joukot (in-Place Forces)
• käyttöalueille keskitettävissä olevat joukot (Deployable Forces)
• tilanteen vaatiessa myöhemmin perustettavat ja liittokunnan puolustukseen keskitettävät joukot (Long Term Build Up Forces).

Liittokunnan ylipäällikön (SACEUR) käytettävissä on yhdeksän maavoimien taistelujen johtamiseen sopivaa johtoporrasta (esikuntaa), joille voidaan antaa käyttöön tarvittava määrä joukkoja. Johtoportaita ja niille annettuja joukkoja voidaan käyttää joko Naton alueen puolustamiseen tai kriisinhallintatehtäviin Naton alueen ulkopuolella. Joukkoja johdetaan liittokunnan operaatiojohtoportaan (ACO) alaisesta johtoesikunnasta (Supreme Headquarters Allied Powers Europe, SHAPE) sekä kolmesta yhteisoperaatiojohtoportaasta (Joint Force Command Norfolk, Napoli ja Brunssum).

Sotatoimien johtamiseen kykenevien operatiivisten esikuntien käyttöön on suunniteltu ja valmisteltu joukkoja (”joukkopaketteja”), joita keskitetään tehtäviin tilanteen vaatima määrä. Niihin kuuluu joukkoja maa-, meri- ja ilmavoimista sekä tarvittavia tukiosia. Taistelujaotuksessa voi tehtävän mukaan olla runkona prikaati, jossa on muutamia tuhansia sotilaita, tai armeijakunta, jossa on kymmeniätuhansia sotilaita.

Merivoimien johtamiseen Euroopassa on käytettävissä viisi korkeassa valmiudessa olevaa johtoporrasta. Ilmavoimien johtamiseen on vastaavasti kolme operatiivista johtoporrasta, joita ylläpitävät Britannia, Ranska ja Saksa. Ne voidaan lähettää vuorollaan myös kriisinhallintatehtäviin.