Natolla on ollut vuodesta 2012 alkaen kaksi suurta strategisen tason johtoesikuntaa:

• operatiivisen johdon esikunta (Supreme Headquarters Allied Powers Europe, SHAPE) Monsissa Belgiassa
• muutosjohtamisen esikunta (Headquarters Supreme Allied Command Transformation, HQ SACT) Norfolkissa Yhdysvalloissa

SHAPE:n toimintaa ja operaatioita johtaa Naton Euroopan-joukkojen komentaja eli SACEUR (Suprene Allied Commander Europe). Hänen alaisuudessaan on kolme yhteisoperaatioiden johtoesikuntaa (Joint Force Command), jotka sijaitsevat Norfolkissa Yhdysvalloissa, Brunssumissa Hollannissa ja Napolissa Italiassa. Suomen kannalta on oleellista, että kaikki Pohjoismaat kuuluvat Norfolkin esikunnan sotilaalliseen vastuualueeseen. JFC Norfolkin tehtävä on johtaa Naton sotilasoperaatioita myös Pohjois-Atlantilla sekä arktisilla alueilla.

Sotatoimien johtamiseen kykenevien operatiivisten esikuntien käyttöön on suunniteltu ja valmisteltu joukkoja (”joukkopaketteja”), joita käytetään tehtäviin tilanteen vaatima määrä. Niihin kuuluu joukkoja maa-, meri- ja ilmavoimista sekä tarvittavia tukiosia. Taistelujaotuksessa voi tehtävän mukaan olla runkona prikaati, jossa on muutamia tuhansia sotilaita, tai armeijakunta, jossa on kymmeniätuhansia sotilaita.

Naton maavoimaoperaatioiden johtoporras (Allied Land Command, LANDCOM) sijaitsee Izmirissä Turkissa. Käytettävissä on kymmenen maavoimien armeijakuntatason esikuntaa, joista jokainen kykenee johtamaan 60 000 sotilaan taistelua. Suomea lähin tällainen on Puolassa sijaitseva Monikansallisen koillisen armeijakunnan (Multinational Corps Northeast, MNCNE) esikunta. Sen ns. kehysvaltiot ovat Puola, Saksa ja Tanska. MNCNE:n alaisuudessa on kaksi monikansallista divisioonaa Latviassa, Viron divisioonaa sekä Puolaan ja Baltian maihin sijoitettuja Naton monikansallisia taisteluosastoja. Esikuntia ja niille osoitettuja joukkoja voidaan käyttää Naton alueella tai sen ulkopuolella.

Naton merivoimien Euroopan alueen johtoesikunta (Allied Maritime Command, MARCOM) on Northwoodissa Britanniassa. Se johtaa Naton pysyviä laivasto-osastoja. Ilmavoimien johtoesikunta (Allied Air Command, AIRCOM) sijaitsee Ramsteinissa Saksassa, ja se johtaa ilmaoperaatiokeskuksia.

Naton sotilaalliseen rakenteeseen on vuonna 2021 lisätty Ulmissa Saksassa toimiva johtoporras Joint Support and Enabling Command (JSEC). Sen tehtävänä on koordinoida Naton joukkojen kuljetuksia ja liikkumista liittokunnan alueella Euroopassa.