De praktiska förberedelserna för de baltiska ländernas gemensamma flottdelningsprojekt startade 1996 och Tyskland ledde den internationella samordningen av projektet. Baltic Naval Squadrons (BALTRON) verksamhet påbörjades 1998. Estland drog sig ur BALTRONs verksamhet 2015.

BALTRONs syfte är att säkerställa en kontinuerlig minröjningsberedskap för de baltiska ländernas flottor, beredskap att utföra nationella uppgifter och deltagande i Nato-ledd minavvärjning. BALTRON främjar samarbete och kompatibilitet mellan flottorna och förbättrar sjösäkerheten i de baltiska länderna.

BALTRON är en etablerad permanent marinstyrka av tre länder, vars speciella expertområde är minröjning. Avdelningens operativa uppgift är att bekämpa hotet som minor utgör och bekämpande av miljöskador i de baltiska ländernas territorialvatten och ekonomiska zoner och att främja säkerheten för sjöfarten i fredstid. Det primära målet med projektet är att bidra till utvecklingen av de nationella flottorna och öka de baltiska ländernas försvarsförmåga, samt att utveckla kompatibiliteten med andra Nato-länders flottor.

BALTRON-avdelningens sammansättning inkluderar Naval Training Center i de baltiska staterna, som är beläget i Lettland. I BALTRONs marinavdelning deltar Lettland och Litauen. År 2024 var det Litauen som styrde. Estland deltar i marinstyrkornas gemensamma utbildningsprojekt.