På försvarsförvaltningens högsta nivå är militär och politisk styrning integrerad. Försvarsministeriet och Försvarsstaben verkar i samma byggnad. Försvarsministern leder Försvarsministeriet och rapporterar direkt till presidenten, överbefälhavaren för de väpnade styrkorna. Försvarsministern är ansvarig inför parlamentet för ledandet av försvarspolitiken, mobilisering av de väpnade styrkorna och militärinfrastrukturen samt för de väpnade styrkornas säkerhet.

Chefen för Försvarsstaben (CEMA) rapporterar direkt till försvarsministern. CEMA ansvarar för ledningen av operationer, utbildningen och utvecklandet av trupper, insamling och analysering av underrättelser samt upprätthållandet av förbindelser med andra länder.

Försvarsmaktens specialstyrkor är grupperade under en gemensam ledningsstab för försvarsgrenarna, Commandement des Opérations Spéciales (COS). Staben leds av en brigadgeneral eller konteramiral. COS är underordnad chefen för Försvarsstaben (CEMA) och under direkt ledning av presidenten. COS är en operativ ledningsstab och dess befälhavare har inte ett direkt organiskt kommandoförhållande med sina styrkor.