Nato on rakentanut Eurooppaan ohjuspuolustusjärjestelmän (Ballistic Missile Defence, BMD) vastaamaan ballististen ohjusten muodostamaan uhkaan. Järjestelmä koostuu pääosin Yhdysvaltojen ohjustorjunta-asemista ja -aluksista. BMD on alusta lähtien ollut Naton ja Venäjän välisen kiistan aihe, koska Venäjä katsoo sen olevan tarkoitettu Venäjän ohjusten torjumiseen.

Vuonna 2018 perustettiin kolmas yhteisoperaatiojohtoporras JFC Norfolk, ACO:n alaisuuteen Norfolkiin. Tämä esikunta vastaa transatlanttisesta linkistä ja Naton suorituskyvyistä Pohjois-Atlantilla sekä arktisilla alueilla.

Naton monikansalliset valmiusjoukot (NATO Response Force, NRF) päätettiin perustaa vuonna 2002, ja ne saavuttivat täyden toimintavalmiuden vuonna 2006. Niiden kokonaisvahvuus on noin 40 000 sotilasta. Jäsenmaat asettavat NRF-joukkoihin maavoimien, merivoimien, ilmavoimien ja erikoisjoukkojen yksikköjä rotaatioperiaatteella. Se tarkoittaa, että valmiudessa olevat NRF-joukot vaihtuvat tietyn vuorolistan mukaan määräaikoina. Joukot ovat nopeasti keskitettävissä monenlaisiin tehtäviin sodankäynnistä rauhanturvaamiseen ja katastrofiapuun saakka. Brunssumin ja Napolin yhteisoperaatiojohtoportaat vuorottelevat NRF-joukkojen johtotehtävässä. NRF-joukkojen käytöstä päättää Pohjois-Atlantin neuvosto (NAC) yksimielisyysperiaatteella.

Ukrainan kriisin ja Lähi-idän mullistusten vuoksi päätettiin vuonna 2014 perustaa NRF-joukkojen ”keihäänkärjeksi” korkeassa toimintavalmiudessa (2 vrk) oleva 5 000–20 000 sotilaan valmiusjoukko (Very High Readiness Joint Task Force, VJTF). Sen kokoonpano ja vahvuus riippuvat tilanteesta, mutta ytimenä on yhden suuren Nato-maan asettama maavoimien prikaati, jonka tukena on merivoima-, ilmavoima- ja erikoisjoukko-osia useista muista Euroopan Nato-maista. VJTF:n vetovastuu kiertää suurten Nato-maiden kesken ja vaihtuu vuosittain. Itä-Euroopan Nato-maissa on tehty valmisteluja VJTF:n nopeaa ryhmittämistä varten. Valmistelutyö on Naton Koillisen armeijakunnan esikunnan johtamaa.

Nato on päättänyt ns. ”Four 30s” -valmiustavoitteesta, jonka mukaan jäsenmailla tulisi olla Naton operaatioita varten 30 päivän toimintavalmiudessa yhteensä 30 maavoimien pataljoonaa, 30 taistelulentokonelaivuetta ja 30 sota-alusta. Tällainen sotilaallinen valmius saavutettiin pääosin vuonna 2020.

Ukrainan kriisin ja sodan seurauksena Naton joukkorakennetta ja ryhmityksiä on muutettu vastaamaan tilannekehitystä Ukrainassa ja tasapainottamaan Venäjän voimia. Taustalla ovat Naton havainnot siitä, miten Venäjän armeija valtasi Krimin niemimaan nopealla ja yllättävällä operaatiolla vuonna 2014.

Madridin-huippukokouksen 2022 yhteydessä Nato päätti lisätä nopean toiminnan joukkojaan tähänastisesta 40 000:stä (NRF-joukot) yli 300 000 sotilaaseen. Tästä määrästä yli 100 000 sotilasta on tarkoitus saada täysin taisteluvalmiiksi 10 päivässä käskystä. Loput 200 000 sotilasta olisivat taisteluvalmiina kuukauden kuluttua. Lisäksi 1–6 kuukauden sisällä olisi käytettävissä vielä 500 000 sotilasta lisää.