Marinens två huvudbaser är Korsør och Frederikshavn. 2. Flottiljen i Korsør är en fregattavdelning som har kapacitet att operera på världshaven. I den ingår marinens huvudtrupp; tre Iver Huitfelt -klass fregatter, två Absalon-klass fregatter samt minröjningsfartygen. Flottiljen ansvarar även för utvecklingen av marinens taktik och vapensystem. 1.Flottiljen i Fredrikshavn ansvarar för sjöbevakningen, fiskeövervakningen, havskartografi samt konungahusets representationsyacht Danneborg. Även marinens utbildningsanläggningar är underställda flottiljen. 3:e flottiljen i Fredrikshavn ansvarar för sjöbevakningen i närvattnen, sjöräddningen, miljöskyddet av havsområdena samt havstransporter.

Den marina organisationen består av en taktisk ledningsstab (Søværnets Taktiske Stab), vars uppgift är att leda internationella eller nationella operationer, till exempel deltagande i Natos permanenta marina avdelningar.

De tre Iver Huitfelt -klass luftvärnsfregatterna byggdes åren 2012–2013. Fartygens tonnage är 6 600 ton och längd 138 meter. Huitfelt–klassens fregatter har en stark och mångsidig bestyckning. Huvudbeväpningen är långräckvidds Raytheon SM-2 IIIA -luftvärnsrobotar och medelräckvidds Evolved Sea Sparrow -luftvärnsrobotar. Fartygens sjömålsrobotar är långräckviddsrobotar av typ Boeing Harpoon. Kanonbestyckningen består av två 76 mm OTO Melara-kanoner och en 35 mm Oerlikon Millennium -antirobotkanon. Ubåtsbekämpningssystemet är dubbelrörs MU90 -torpedsystemet. Fartygens Sikorsky MH-60R är utrustad med ubåtsbekämpningstorpeder.

Absalon-klassens fregatt. Bildkälla: en.wikipedia.org.

Iver Huitfeldt-klass luftvärnsfregatt i danska flottan. Bildkälla: https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=27762016 – By Berg2 – Own work, CC BY 3.0.