Marinens två huvudbaser är Korsør och Frederikshavn. 2:a flottiljen i Korsør är en fregattavdelning som har kapacitet att operera på världshaven. I den ingår marinens huvudtrupp; tre Iver Huitfelt -klass fregatter, två Absalon-klass fregatter samt minröjningsfartygen. Flottiljen ansvarar även för utvecklingen av marinens taktik och vapensystem. 1. flottiljen i Fredrikshavn ansvarar för sjöbevakningen, fiskeövervakningen, havskartografi samt drottningens representationsyacht Danneborg. Även marinens utbildningsanläggningar är underställda flottiljen. 3:e flottiljen i Fredrikshavn ansvarar för sjöbevakningen i närvattnen, sjöräddningen, miljöskyddet av havsområdena samt havstransporter.

De tre Iver Huitfelt -klass luftvärnsfregatterna byggdes åren 2012–2013 i Odense och i Klaipeda i Litauen. Fartygens tonnage är 6 600 ton och längd 138 meter. Iver Huitfelt–klassens fregatter har en stark och mångsidig bestyckning. Huvudbeväpningen är långdistans Raytheon SM-2 IIIA -luftvärnsrobotar och medeldistans Evolved Sea Sparrow -luftvärnsrobotar. Fartygens sjömålsrobotar är långdistansrobotar av typ Boeing Harpoon. Kanonbestyckningen består av två 76 mm OTO Melara-kanoner och en 35 mm Oerlikon Millennium -antirobotkanon. Ubåtsbekämpningssystemet är två rörs MU90 -torpedsystemet. Fartygens Sikorsky MH-60R är utrustad med ubåtsbekämpningstorpeder.

Fregatt Peter Willemoes av Iver Huitfelt -klass. Bildkälla: commons.wikimedia.org By Berg2 – Oma teos, CC BY 3.0

Absalon -klass fregatt. Bildkälla: en.wikipedia.org