Flygvapnets huvuduppgifter är att övervaka och skydda det tyska luftrummet och att upprätthålla flygvapnets beredskap för operationer.

Det har skett många stora förändringar i Flygvapnets ledningsorganisation under 2000-talet; uppställningar, nedläggningar och anslutningar. Som ett resultat av detta är den nuvarande ledningsorganisationen nedsatt och förenklad. Under Flygvapnets ledning lyder centret för luftoperationer (Kalkar), staben för Flygvapnets trupper (Köln) samt de operativa förbanden och trupperna.

Ett stort antal flygvapenpersonal tjänstgör vid de i Tyskland belägna Natos integrerade luftförsvarsstaber och befattningsplatser, t.ex. i Ramstein (Allied Air Command Ramstein) och i Geilenkirchen (NATO Airborne Early Warning & Control Force Command).

Flygvapnets sammansättning:

• 3 jaktplansregementen (Eurofighter)
• 2 jaktbombplansregementen (Eurofighter, Tornado)
• 1 spaningsflygregemente (Tornado, Heron)
• 2 transportflygregementen (Airbus A400M, Transall C-160D)
• 1 transporthelikopterregemente (Sikorsky CH-53)
• 1 transport- och lufttankningsregemente (Airbus A310 MRTT)
• 2 utbildningsenheter i Förenta staterna (Tornado, T-6, T-38)
• 1 områdesluftvärnsregemente samt objektsluftvärnsenheter (Patriot PAC-2/3, Mantis)

Flygvapnets utrustning:

• 230 stridsplan (140 Eurofighter, 88 Tornado)
• 4 lufttankningsplan (Airbus A310 MRTT)
• 40 transportplan (37 Airbus A400M, 3 C-130 Hercules), beställt sammanlagt 53 st. A400M och 6 Hercules
• 88 helikoptrar (70 tunga transporthelikoptrar Sikorsky CH-53)
• 8 Heron-tunga fjärrstyrda obemannade spaningsflygplan
• 14 områdesluftvärnsrobotbatterier (Patriot PAC 2/3)
• 2 närluftvärnsrobotbatterier (Mantis, 35 mm)

Ett jaktbomplansregemente har Nato-kärnvapenuppdrag. Regementets Tornado-plan är utrustade för att bära taktiska kärnvapen (B-61-vätgasbomber), och regementets piloter är utbildade för uppgiften. Natos gemensamma kärnvapenavskräckning består av amerikanska kärnbomber stationerade i fyra västeuropeiska länder och Turkiet. Dessa länders flygstyrkor är utbildade och utrustade för att bära kärnbomber.  Bomberna är under amerikansk kontroll.

Tysklands Tornado-flotta föråldras och tas ur drift under 2020-talet och Luftwaffes nuvarande huvudflotta, Eurofighter Typhoon, lämpar sig inte för att bära kärnbomber. För att ersätta Tornado-flottan planerar Tyskland att förvärva 15 Eurofighters och 35 F-35. Av dessa skulle F-35 planen få kärnvapenuppgifter.

CH-53 transporthelikoptrarna, som håller på att tas ur bruk, ersätts fr.o.m. 2025 med CH-47 Chinook transporthelikoptrar, varav 60 st. beställts.