Sedan 2012 har Nato två stora ledningsstaber på strategisk nivå:

• operativa ledningens högkvarter (Supreme Headquarters Allied Powers Europe, SHAPE) i Mons, Belgien
• förändringsledningens högkvarter (Headquarters Supreme Allied Command Transformation, HQ SACT) i Norfolk, USA

SHAPE:s operationer leds av befälhavaren för de europeiska Natostyrkorna, det vill säga SACEUR (Supreme Allied Commander Europe). Han har till sitt förfogande tre underställda ledningsstaber (Joint Force Commands), belägna i Norfolk i USA, Brunssum i Nederländerna och Napoli i Italien. Ur Finlands synvinkel är det väsentligt att alla nordiska länderna hamnar under det militära ansvarsområdet för JFC högkvarteret i Norfolk. Norfolk används också för att leda Natos militära operationer i Nordatlanten och Arktis.

Styrkor (”truppaket”) har utformats och förberetts för operativa staber som kan leda krigsoperationer. De kan ansamlas för uppgifter enligt situationens krav. De inkluderar trupper från armén, marinen och flygvapnet, liksom nödvändiga stödkomponenter. Stridsindelningen kan enligt uppdraget ha en brigad som stam med några tusen soldater eller en armékår med tiotusentals soldater.

Natos Allied Land Command (LANDCOM) ligger i Izmir, Turkiet. Tio högkvarter på armékårsnivå finns tillgängliga, som var och en kan leda strid med 60 000 soldater. Det högkvarteret av detta slag som ligger närmast till Finland är den multinationella armékåren Nordösts (MNCNE) högkvarter i Polen. Ramländerna där är Polen, Tyskland och Danmark. MNCNE-högkvarteret har underställda två multinationella divisioner i Lettland, den estniska divisionen och Natos multinationella stridsgrupper som är stationerade i Polen och de baltiska länderna. Högkvarteret och de trupper som tilldelats dem kan användas inom eller utanför Natos territorium.

Natos Allied Maritime Command (MARCOM) ligger i Northwood, Storbritannien. Den leder Natos permanenta marina avdelningar. Allied Air Command (AIRCOM) ligger i Ramstein, Tyskland, och den leder flera luftoperationscentra (Air Operations Centres).

År 2021 lades Joint Support and Enabling Command (JSEC), baserat i Ulm i Tyskland, till Natos militära struktur. Den har till uppgift att samordna transport och förflyttning av Natos trupper inom alliansens territorium i Europa.

Natos befälsstruktur. Bildkälla: Statsrådets kansli 19.6.2023: Nato-sanasto