Syftet med National Security Act från 1947 var att omorganisera amerikanska militära strukturer och underrättelsetjänsten efter andra världskriget och för att uppfylla de krav som uppstått i och med början av det kalla kriget. Reformerna var avsedda att säkerställa att de väpnade styrkorna, under alla omständigheter, förblev under ledning av det politiska ledarskapet, det vill säga den civila ledningen. Därför införlivades den högsta ledningen för de väpnade styrkorna och försvarsgrensstaberna i försvarsministeriets organisation. Försvarsministern tilldelades en tydlig position som förman för de väpnade styrkornas ledning. De väpnade styrkornas högsta ledning d.v.s. försvarsgrenschefernas råd (Joint Chiefs of Staff, JCS), har inte befäl över de operativa styrkorna utan dessa får sina order från presidenten genom försvarsministern. Försvarsgrenschefernas råd har som uppgift att samordna krigsmaktens verksamhet, och dess ordförande fungerar som presidentens högsta militära rådgivare.

Presidenten har en nyckelroll vid utformandet av säkerhetspolitiken och som ledare för verkställandet av den. Presidenten får omedelbart stöd av det Nationella säkerhetsrådet (National Security Council), som han är ordförande för. Som presidentens direkta underlydande fungerar de ur säkerhetspolitisk synpunkt viktigaste ministerierna, framför allt utrikes- och försministerierna. Presidenten är överbefälhavare för krigsmakten och han har självständiga befogenheter att använda krigsmakten då USA:s säkerhetsintressen det förutsätter. Dock behövs kongressens medverkan för deklarering av krig och direkta krigshandlingar.

Den centrala underrättelsebyrån (Central Intelligence Agency, CIA), som grundades 1947, blev den första civila underrättelsetjänsten i USA. Dess föregångare var den hemliga militära underrättelsetjänsten under krigstid OSS. CIA:s uppdrag är underrättelseverksamhet utanför USA och CIA har inga befogenheter inom landets gränser. Kontraspionage och konterunderrättelse tillhör den federala polisen FBI.

Under åren som gått har fler underrättelsetjänster etablerats för många förvaltningsgrenar. Idag finns det totalt 17 underrättelseorganisationer, som bildar den så kallade Underrättelsegemenskapen (Intelligence Community). Åtta av dem är underställda försvarsdepartementet, till exempel har varje försvarsgren sina egna underrättelseorganisationer. De övriga är underställda utrikesministeriet, finansministeriet, justitieministeriet, ministeriet för inhemsk säkerhet och energiministeriet. CIA är ett undantag och den är underställd Chefen för nationell underrättelse (Director of National Intelligence). Det finns många mindre underrättelsetjänster under ovannämnda underrättelseorganisationer. Dessutom är två tusen privata företag engagerade i verksamheten. Amerikanska underrättelseorganisationer använder totalt cirka 80 miljarder dollar årligen på sina aktiviteter. Underrättelsetjänsterna har totalt hundratusentals anställda.

Att samordna underrättelsetjänstens aktiviteter har visat sig vara svårt och information rör sig ofta inte horisontellt mellan underrättelsetjänsterna. Samordning av verksamheten är ansvar av Chefen för nationell underrättelse. CIA ansvarar för utländsk underrättelse och den federala polisen (FBI) för konterunderrättelse och intern kontroll, men NSA:s roll, som fokuserar på elektronisk underrättelse och övervakning, har blivit viktigare, liksom NRO:s roll, som ansvarar för satellitinformation. National Intelligence Council (NIC) har huvudansvaret för analyser och prognoser gällande det internationella läget och underrättelsebranschen som helhet.

Efter terrorattackerna i New York och Washington 2001 antogs ett flera lagar gällande inre säkerhet och skapades och en omfattande organisation, inkl. ”Ministeriet för inrikes säkerhet” (Department of Homeland security) för upprätthållande av säkerheten i hemlandet.