De ministerier som är viktiga med tanke på säkerhetspolitiken, framför allt utrikes- och försvarsministerierna, är direkt underställda presidenten. Presidenten har oberoende befogenheter att använda de väpnade styrkorna för krigshandlingar då amerikanska säkerhetsintressen förutsätter det. Krigsförklaring och de facto krigföring kräver dock tillstånd av kongressen.