Presidenten har en central roll i givandet av de säkerhetspolitiska riktlinjerna och i ledningen av genomförandet av dem. Presidenten bistås direkt av det Nationella säkerhetsrådet, som han är ordförande för.

De ministerier som är viktiga med tanke på säkerhetspolitiken, framför allt utrikes- och försvarsministerierna, är direkt underställda presidenten. Presidenten har oberoende befogenheter att använda de väpnade styrkorna för krigshandlingar då amerikanska säkerhetsintressen förutsätter det. Krigsförklaring och de facto krigföring kräver dock tillstånd av Kongressen.

Efter terrorattackerna i New York och Washington 2001 antogs flera interna säkerhetslagar och en omfattande organisation bildades, inklusive Department of Homeland Security, för att upprätthålla inrikes säkerhet.