Ledningsorganisationen för de amerikanska väpnade styrkorna är en komplex kombination av politiskt och militärt ledarskap. Överbefälhavaren och försvarsministern är civilpersoner, trots att även personer med militär bakgrund kan tjäna i dessa uppgifter. Ledningen för de väpnade styrkorna är en del av försvarsministeriets organisation. I Försvarsdepartementets huvudbyggnad (dvs. Pentagon) i Washington arbetar 26 000 personer.

Inom försvarsministeriet finns tre försvarsgrensministerier (armé, marin och flygvapen) och deras staber. Försvarsgrenarnas huvuduppgift är att producera, träna och utrusta trupper för användning av operativa kommendörer.

Försvarsgrenskommendörernas råd (JCS) är det högsta militära rådgivande organet för statens ledning med sju medlemmar (ordförande, vice ordförande och försvarsgrenskommendörerna). JCS består av kommendören för armén, marinen och flygvapnet, marinkåren och nationalgardet. Ordföranden för JCS är högsta officer i USA:s militära hierarki. Underställd ordföranden finns planerings- och förberedelsestaben (Joint Staff, JS) med en personal på cirka 1 500. JCS och JS har inte operativt befäl över styrkorna.

Den amerikanska kustbevakningen likställs nuförtiden med en försvarsgren, även om den, under fredstid, är underställd Ministeriet för inre säkerhet (Department of Homeland Security). Kommendören för kustbevakningen hör inte till JCS.

Ansvaret för den operativa ledningen av styrkorna ligger hos kommendörerna för de permanenta regionala och operativa strategiska styrkegrupper (Combatant Commands, 11 enheter) eller befälhavarna för en styrka eller operation som bildats separat. USA har delat upp hela världen i ansvarsområden för sina strategiska sina styrkor. Befälskedjan går från presidenten genom försvarsministern direkt till den operativa befälhavaren. Varje styrkegrupp har en stor ledningsstabstab som kan leda styrkor från alla försvarsgrenar. I USA finns CENTCOM och SOUTHCOM i Florida, NORTHCOM i Colorado och INDOPACOM på Hawaii. EUCOM och AFRICOM finns i Tyskland.

Funktionella gruppers specialitet återspeglas i deras namn. STRATCOM är ansvarig för USA: s strategiska kärnvapenavskräckning, dess underhåll och drift. Det senaste av dessa styrkegrupper är US Space Command, som grundades 2019 p.g.a. den växande oron för satellitsårbarhet.

Permanenta regionala styrkegrupper:

• US Africa Command (US AFRICOM)
• US Central Command (US CENTCOM)
• US European Command (US EUCOM)
• US Indo-Pacific Command (US INDOPACOM)
• US Northern Command (US NORTHCOM)
• US Southern Command (US SOUTHCOM)

Permanenta funktionella grupper:

• US Cyber Command (US CYBERCOM)
• US Space Command (US SPACECOM)
• US Special Operations Command (US SOCOM)
• US Strategic Command (US STRATCOM)
• US Transportation Command (US TRANSCOM)